根由3部分組成：根頸、塊根、須根。根頸頭（區別于“根莖”，根頸是根，根莖是莖）是根的上部，顏色較深，著生有芽；塊根由根頸下方生出，肉質，粗壯，呈紡錘形或長柱形，粗0.6～3.5厘米，外表淺黃褐色或灰紫色，內部白色，富有營養，塊根一般不直接生芽，斷裂后卻可萌生較小的新芽，因此秋季收集5cm以上的斷根也可繁殖；須根主要從塊根上生出，是吸收水分和養料的主要器官，并可逐漸演化成塊根。芍藥的根按外觀形狀不同，一般又可分為三型：粗根型、坡根型、勻根型。粗根型，根較稀疏，粗大直伸；坡根型，根向四周伸展，粗細不勻；勻根型，根條疏密適宜，粗細均勻等。根可入藥。